一般将原生动物分为5纲：

　　鞭毛纲（Mastigophora） 　　　　　　肉足纲（Sarcodina）　　　　　　纤毛纲(Ciliatea)　　　　　　　　　　

　　孢子纲（Sporozoa）　　　　　　　　　吸管虫纲（Suctoria）

　　其中鞭毛纲已在前面藻类部分讲述，孢子纲大多是寄生生活的，故此处仅介绍肉足纲和纤毛纲中饵料生物和生态意义较大的常见种类以及吸管虫纲的代表种类。