影响原生动物的生态分布的因素通常并不是单一的，而是多因素结合的结果。原生动物对各种环境因子的变化有相当强的耐受力，但不同种类的原生动物都要求一定的生活条件。因此，即使环境因子有很少的变化，对它们的生活也常会有很大的影响。

　　
　　　原生动物可以在人们处理废水和污水时建立起来的人工体系中栖居。原生动物在活性污泥和渗滤池中都很丰富，纤毛虫是优势种群，其后是肉足虫和鞭毛虫。

　　柯尔兹等人对活性污泥中原生动物群落的组成与出水质量的关系进行了研究。发现凡是排除的水含有较低的BOD5和少量悬浮颗粒的，也就是说水质较好的，该厂的活性污泥中必定有大量的多种纤毛虫。反之，出水质量低的工厂的活性污泥则均不含纤毛虫而只有其它少见种类的原生动物。

　　纤毛虫能够分泌一些物质使悬浮颗粒物质和细菌凝为絮状物。絮凝现象关系到活性污泥氧化有机物质的能力和沉淀的能力，进而提高出水质量。另外以细菌为食的纤毛虫能够吃掉大量的细菌。例如奇观单缩虫1小时能吃三万个细菌。这也大大有助于改善出水质量。

　　
　　在污染程度不同的水体中生活着不同种类的原生动物，所以不同的原生动物可以作为水体污染的指示生物。污水生物系统的范围从未污染的区域到严重污染的区域可分为污染外带（未污染的）、寡污带（很少污染的）、β中污染带（中等污染）、α中污染带（污染较重）和多污带（非常严重地污染）。

1 .温度： 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
（1）温度对原生动物数量的影响显著。大多数原生动物最适的温度范围是16-25℃，致死温度的上限通常在30-43℃之间。少数种类可以生活在60℃的温泉中，有些原生动物能在积雪中生活和繁殖，使雪变成红色；但暖水性种类则在冰冻环境中很快死亡。

（2）原生动物个体大小与温度的关系符合贝格曼定律，如有孔虫在南北极体长为14.7mm以上，而在温带海区只有6mm。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
2 .PH: 　　　　　　　　　　　
　　大多数原生动物最适的pH在6.5—8.0之间。有些种类对酸碱度的适应范围很广，如绿眼虫可以在pH 2.3-11之间培养。有些为狭酸碱性的种类，如大旋口虫Spirostomum ambiguum 只能在pH 6.3—7.5内生活。

3 .盐度： 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
　　有些淡水原生动物可以直接放入海水中培养，如钩波豆虫Bodo uncinatus、里海肾形虫Colpoda aspera等。这些原生动物既能在淡水中又能在海水中生活。但这类原生动物的种类不多，多数淡水种类不能在海水中生存，反之亦然。
　　肉足虫类变形虫目在淡、海水均有，有壳目和太阳虫目主要分布在淡水，有孔虫目和放射虫目只能生活在高盐海水中。纤毛虫类三个目中虽均有海产种类，其中海产砂壳纤毛虫最为重要，但大多数纤毛虫类主要分布于淡水水域。
内陆盐水也含有少量的纤毛虫。据赵文等(1995)的研究，原生动物特别是纤毛虫类是我国三北地区内陆盐水浮游动物重要组成部分，其种数随着盐度升高趋于减少，但密度和生物量却有随盐度而增大的趋势。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
4 .有机质含量：　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
　　水中有机质含量多寡，对原生动物有很大的影响。
　　如食细菌的许多纤毛虫，包括豆形虫Colpidium、肾形虫、某些草履虫和钟虫等常大量出现在极脏的腐败死水中。而在有机质较为丰富中等污染的水体中，原生动物的种类最多，这里生活着喇叭虫，旋口虫、游仆虫，尖毛虫以及某些附着生活的缘毛目种类等。
　　由于不同种类的原生动物适于生活在含有不同量的有机质的水中，所以根据原生动物的种类，可以作为水体被污染程度的指标。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
5 .食物：　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

　　在同一水体中，原生动物之间、原生动物和其它动物之间存在着复杂的食物关系，因而形成了某些种类周期性的数量变化。
　　例如水体中细菌大量繁殖时，食细菌的原生动物如草履虫等将大量出现，继之为喜食草履虫的栉毛虫、板壳虫等也大量出现，水体中草履虫的数量大减。又如绿草履虫Paramecium bursaria以食小鞭毛虫为主，因此小鞭毛虫的数量将随绿草履虫的出现而减少，但由于缺乏足够数量的食物，绿草履虫也将逐渐减少，这一类鞭毛虫的数量却因此又能逐渐增加，这样就形成了动物种类数量的周期性变化。
　　　　　　　　

　　
　　水中自由生活的原生动物，通常是鱼虾贝类的直接或间接的天然饵料，但养鱼水域原生动数量增大，取食藻类，造成水体缺氧。并且养殖水体大量出现原生动物往往是水质不良的标志。但是原生动物特别是一些纤毛虫生产量大，营养丰富，有望大量培养作为水产经济动物苗种的开口饵料，如草履虫。