轮虫的消化系统明显地分为消化管和消化腺两部分：
1 . 消化管：
消化管一般包括口、咽头、咀嚼器（ trophi）、食管、胃、肠、直肠，泄殖腔和肛门（泄殖孔），肛门开孔于躯干部末瑞，足的基部背面。
2 . 消化腺：
消化腺一般有两组，一组是唾液腺，在咀嚼器的前端或口管之中；另一组是胃腺，一般一对，在食管与胃之间，通常有孔与胃相通，少数种类的胃腺有导管通入胃。
食物进入口后到咀嚼囊，囊内肌肉的收缩牵动咀嚼器各板片把食物撕裂或磨碎。唾液腺可能有摄食和消化的功用。胃腺分泌酶到胃中促进食物消化。消化食物在胃、肠中被吸收，不消化的残渣由肛门排出体外。
少数种类的消化管和消化腺很特殊。如晶囊轮虫没有肛门，它是掠食性种类嗜食其它轮虫，它吮吸猎物的体液，不消化的残渣从口吐出。蛭态亚目宿轮科种类的胃由整块合同细胞组成，没有空腔，食物进入这巨大的合同细胞原生质中形成许多小弹丸，如同食物泡，当“小弹片”在原生质内流转过程中进行消化与吸收。
咀嚼器是轮虫动物独有的特征，它是轮虫分类学的主要依据。咀嚼器的形态与食性有密切关系，咀嚼器的基本结构是由7片硬化的咀嚼板组成。中间一片称砧基左右联结2片砧枝，这3块板片合称砧板；砧板的两侧有2片槌钩，各与一片槌柄连接，这4块板片合称槌板。
砧板和槌板的各板片的形态变化构成了各种咀嚼器，它与各种类型的头冠结合起来形成了各种取食方法。常见轮虫咀嚼器的形态归纳起来有以下几种
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1 .槌型：
各咀嚼板都比较粗壮而坚实，砧板内侧有沟痕但无齿。用于横向磨碎浮游生物和有机啐片。具这种咀嚼器的轮虫常为水轮虫型头冠，适应沉食取食方法（如臂尾轮虫等）。营浮游或底栖生活。底栖种类（如腔轮科）在沉水植物茎、叶或其它底层物体上吸取微小的生物和有机碎片。这种咀嚼器捕捉能力很弱。
2 .杖型：
砧基和槌柄都很长，呈拐杖形，一对砧枝呈现三角形。砧基下瑞伸到下咽喉，当咀嚼器肌肉收缩时好似活塞把食物吸进口到咀嚼腔中。这种咀嚼器除了吸取植物细胞的汁液和小型动物的体液外，尚有咬、啃、研磨食物等初步消化的能力。它常与晶囊轮虫型头冠结合，一般为凶猛种类（如疣毛轮虫等），攫取浮游生物、附着生物和有机碎片为食。
3 .砧型：
砧枝特别发达，呈现锋利的卡钳状，内缘有1-2个齿。砧基很短，槌钩细长，槌柄很短只留痕迹。它与晶囊轮虫型头冠结合，只限于晶囊轮科，这些种类十分凶猛，当遇到适口食物（主要是浮游动物）突然把咀嚼器伸出口外把食物猎入口内。这类咀嚼器完全适应猎食。
4 .槌枝型：
槌钩由许多长条的齿密集排列一起，槌柄宽而短，隔成三段，砧基短而粗壮，左右砧枝各呈三角形，内侧常有细齿。它与巨腕轮虫型头冠结合，簇轮亚目都属于此类。包括浮游、底层和固着生活三种方式，依靠头冠纤毛运动形成的水流旋涡，沉淀取食水中微小的生物和腐屑。
5 .枝型：
槌钩最为发达，呈2个半圆形的薄片，其上有很多平行的肋条，其中有2-3个肋条比较粗壮，肋条的内端形成箭头状的齿；砧枝较小，为三棱形长条，砧基和槌柄都退化。枝型咀嚼器与旋轮虫型头冠结合，是蛭态亚目的主要特征。适应于沉淀取食。
6 .钩型：
砧基和槌柄都极退化，砧板宽阔近乎半圆形，槌钩系极少数长条状的齿组成，除外还有副槌钩，它把砧板和槌钩紧密联结起来。钩型咀嚼器与胶鞘轮虫型头冠结合，为胶鞘亚目的主要特征。这类轮虫用槌钩来撕碎闯入陷井的大型生物（如枝角类、桡足类等）。适应于伏击取食方法。多数营固着生活，极少数营浮游生活。
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.钳型：钳型咀嚼器的槌柄很长，砧基则较短。左右砧枝特别长，或多或少弯转而形成钳型。它们尖锐的前端总是和细长竿状的槌钩交错在一处。砧基内侧又往往有一系列的锯齿或其他形式的齿。这一形式的咀嚼器只有限于猪吻轮虫。
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.梳型：梳型咀嚼器的砧板呈提琴型，槌柄复杂，它的中部总是分出一作月牙形弯曲之枝。前咽片相当大，往往比槌钩还发达。该类型咀嚼器只限于柔轮科的少数种类。
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