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轮虫隶属轮形动物门Phylum Rotifera ，轮虫纲Rotifera,下分两个目五个亚目，约2500种。
轮虫分类通常按咀嚼器和头冠的构造、卵巢是否成对、被甲的形态构造、足的有无、附肢的数目等做依据。
一 、双巢目Digononta
蛭态亚目Bdelloidea
二 、单巢目Monogononta
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.游泳亚目Ploima
2 .簇轮亚目Flosculariacea
3 .胶鞘亚目Collothecidae
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卵巢成对，旋轮虫型头冠，枝型咀嚼器。“躯干具”假节“可呈套筒式伸缩。通常底栖或附着。常见为旋轮科Philodinidae，下属：
轮虫属
Rotaria、旋轮虫属Philodina
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体细长。眼点一对不甚明显，位于背触手前面的吻部。吻较长突出于头冠之上。足端有三趾。
喜生活于富含有机质的小型水体，常附着于水生植物的茎、叶上。
常见种：长足轮虫
Rotaria neprunia：
体较粗壮。眼点一对大而明显，位于背触手后，脑的背面。趾四个。
生活环境与轮虫近似，常见种：红眼旋轮虫 Philodina
arythrophthalma： （视频）
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大多自由游泳生活。有足种类具1-2个趾，头冠非巨腕和胶鞘轮虫型。大多数轮虫属于此亚目。常见有下述各科：
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臂尾轮科Brachionida
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被甲较宽阔,呈正方形。 被甲前端总是具1-3对突出的棘刺。有的种类被甲后端也具棘刺。足不分节而很长,并能活泼地伸缩摆动。
本属种类甚多，主要营浮游生活。但也常用足末端的趾，附着在其它物体上，并营底栖生活。它们生长在池塘、湖泊中，往往靠近岸的地方多于离岸的地方。
(检索表)
（分 类）
被甲被线纹分割成若干多角形的板片。如同龟甲，前端有3对不规则的棘刺，有的还有后棘刺1-2条。无足。是典型的浮游种类。分布普遍。温幅广。一年四季（包括冰下）都可找到大量个体。盐幅较大，淡水、半咸水中都能生活。由于个体小，被甲厚而坚硬。
(检
索 表)
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背甲后端两旁棘刺同样长短
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背甲后端两旁棘刺一长一短
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无甲。头冠上有3-5个棒状突起。各不同种间体形差异大。锥尾水轮虫E.senta呈倒圆锥形；透明。
水轮虫个体大（500um左右）、运动慢、不具被甲，在富有机质特别是多裸藻的小型水体中。种群数量可能极大（>1万/L）在融冰后的低水温条件下即可大量繁殖。
常见种：椎尾水轮虫Epiphanes
senta
无被甲。体呈长圆锥形。躯干有假“节”。但不作套筒式伸缩。头部背侧有一长的“如意突”，会自如地伸缩。
犀轮虫个体较大（300 μm左右），无被甲，尤其是它适低温的特性，是冷水性鱼类或在低温水体中繁殖的水生动物苗种的优良活饵料，并有望成为人工大量增殖的对象。为常见种：前额犀轮虫R.frontalis
背甲具纵条纹。前棘刺3对，长短不等。后端浑圆或有短柄。无足。
该属轮虫往往在低温季节，甚至冰下水体中出现，数量虽多但生物量小且高峰持续时间不长。常见种：尖削叶轮虫
Notholca
acuminata
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晶囊轮科
Asplanchnidae
有晶囊轮虫型头冠和砧型咀嚼器。身体无被甲。呈囊袋形，透明。个别种类躯干两侧有翼状突起。个体大。一般在500um以上。多数种类没有肠和肛门。体后只有泄殖孔。足或有或无。是典型浮游轮虫。常见种隶属以下两属:
身体透明囊袋形，如像一个电灯泡。无足与肛门,亦无肠管。咀嚼器可伸出口外摄食。食物残渣亦从口中吐出。全部卵胎生。休眠卵球形，每雌体可怀2-3个。但并不产出。随死后的母体沉入水底。该属均系典型浮游种类。温暖季节常广泛出现于池塘、湖泊、水库等淡水水域。冬季经常冻底又富含有机质的浅水水体，其种群数量特别大。
(检
索 表)
除了有足和趾之外，基本上和晶囊轮虫相似。常见种：多突囊足轮虫A.
multiceps
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具晶囊轮虫型头冠，杖型咀嚼器。无被甲。有的种类有附肢。常见者均系典型的浮游轮虫。
（1）疣毛轮属Synchaeta：
头冠上面有4根长刚毛，两侧各具一显著的“耳”状突起。足不分节。趾一对很小。该类轮虫极易变形。固定后往往只能从头部两侧仍然依稀可见的“耳”状结构辨别它们。盐幅和温幅极广。一年四季（包括冰冻季节）在淡水、咸水中均可繁殖。有时数量极大。但高峰期持续时间不长。
常见种：尖尾疣毛轮虫
Synchaeta stylata、颤动疣毛轮虫 (视频）
（2）多肢轮属Polyarthra：
头冠上既无长刚毛也无“耳”状突。身后亦无足与趾。但身体两侧背腹面有12条针状或叶状的附肢。有跳跃和游泳功能。广泛分布于湖泊、水库、池塘中。一年四季均可找到。
常见种：针簇多肢轮虫
Polyarthra trigla：
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| 具槌枝型咀嚼器、巨腕轮虫或聚花轮虫型头冠。被甲有或缺。浮游、底栖或固着生活。下属两个科：
镜轮科Testudinellidae、聚花轮科Conochilidae
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1 .镜轮属Testudinella：
被甲较坚硬，腹背扁平，背腹面观近圆形，透明似镜。足长不分节，未端无趾，但有一圈纤毛。常见种：缺刻镜轮虫
Testudinella incisa
2 .巨腕轮属Hexarthra：
无被甲，体前半部有6个粗壮腕状附肢，能划动跳跃。无足。
为典型浮游轮虫。温暖季节出现于湖泊，池沼中。
常见种：环顶巨腕轮虫H.
fennica
3 .三肢轮属Filinia：
卵形。无被甲。有三条或长或短的附肢。其中前二条能活动。分布很广，一年四季在池塘、湖沼或其它富含有机质的淡水水体中均能大量繁殖。常见种：长三肢轮属Filinia
longiseta
4 .泡轮属Pompholyx：
被甲薄而透明。后端有足孔。但无足。足孔内有一粘液管子伸出。可粘着排出的卵。故常可见一卵附着在足孔后端。广泛分布于池塘、湖泊中，但数量不多。
常见种：沟痕泡轮虫 Pompholyx
sulcata 扁平泡轮虫
Pompholyx complanata
聚花轮虫型（马蹄型）头冠。无被甲。大多数为自由游泳的群体。群体由几个或上百个纵长的个体组成。分布广。在中小型湖泊。池塘常形成大种群。因其个体大。无被甲。活动缓慢是许多水生动物的优质饵料。
常见种类：独角聚花轮虫C.
unicornis
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具胶鞘轮虫型头冠和多型咀嚼器。个体具一大的胶鞘。大多营固着生活。少数浮游生活。仅一科。
胶鞘轮科Collothecidae：
固着在沉水植物上。单独栖息一个透明的胶鞘中。个体呈喇叭状。头冠具5个显著的裂片和5束长刚毛。体长600-700
μm。每年夏、秋季大量出现。
常见种：多态胶鞘轮虫Collotheca
ambigua
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