据国家水产事业发展的规划进行了专业调整，设置了海洋渔业、水产品加工和养殖3个专业，轮机科停办。新建教学楼一栋1200平方米。1954年2月、7月两批首届毕业生77名，分配在辽宁、黑龙江、吉林等地。
　　1955年4月，中央农业部下达了关于大连水产学校的几项规定的通知，将大连水产学校交辽宁省农业厅直接管理，旅大市水产局负责业务上的帮助。同时指出：学校面向辽宁、黑龙江、吉林、内蒙、河北、山西招生，为这些地区培养水产干部。并由农业部向上述地区下达了当年招生指标。同年10月，学校改由商业部与辽宁省商业厅双重领导（1957年改由国家水产部和辽宁省水产局双重领导）。
　　中专阶段，学校归属几经变动，领导班子变动频繁。1955年1月，邢维真升任辽宁省水产局局长，不再兼任我校校长职务，张显副校长主持工作并兼党支部书记。1957年4月任命姜国钧同志任副校长（后兼任党支部书记），管理机构及人员编制亦有所变动。教务处下设教务股、图书室、仪器室；撤销总务处，设立总务股、伙食股、医务室、基建办。有教职员工89人，其中教师43人；在校生299人。学校初期藏书不足2000册，到1957年有图书11780余册，报刊60余种。
　　这时期，学校的基本建设投资和教学设备也有较大幅度增加。当年完成基本建设项目有：2700平方米的实验楼；1500平方米的实习工厂；第一栋600平方米家属住宅；学校修建了操场并修建围墙1200平方米。为了解决淡水养殖专业学生实习，批准学校在旅大市南关岭泉水村修建一处淡水养鱼试验基地，占地面积为8万平方米。学校还购进了教学仪器设备，仅显微镜就由原来的几台增加到30多台，满足了学生实验需要。恢复轮机专业，改称动力装置专业。编写教材14门，还有部分教师参加了全国中等水产学校教材编写会议。
　　1958年7月，经国家水产部辽宁省委农村工作部批准，学校由中专升格为大专，定名为辽宁省大连水产专科学校，学制为三年。隶属辽宁省水产局领导。专业设置为：海洋捕捞、淡水养殖、海水养殖、轮机管理专业。当年大专班、中专班同时招生，在校生540多人。1957年又增加了水产品加工专业。同年9月，市委派田玉章同志来校主持工作。
　　1958年至1959年为实现水产教育大跃进;，学校把所有专业学制由原来四年制改为三年制。新的教学计划安排为每年假期6周，生产劳动10周，理论教学35周，科研2周。为提高教学质量，改进教学环节，在教师中开展以老带新、互相观摩互相听课;的教学活动。同时组织师生到校办工厂、海水养殖场劳动，加强实践教学环节，使教学与生产劳动相结合。
　　为适应水产事业发展的需要，1958年成立了大连水产专科学校水产科学研究委员会，下设水生生物、淡海养殖、渔捞、船舶动力5个课题组，确定了研究范围。至1959年共完成了省水产局下达的科研项目8项，学校自选项目3项。《旅大地区浮游生物调查》、《丰产实验塘》、《石花菜养殖研究》、《对鳉鱼生态的观察及池塘养鱼的影响》、《灯光捕鱼与多层刺网研究》、《海带养殖技术》、《紫贻贝人工受精与幼虫培养》等，有的达到了国内先进水平。根据教学与科研的需要，也加强了生产实习基地建设。同年六月，经旅大市批准将大连湾的100亩海面划归学校使用，作为贝类养殖场，当年投石百余吨，放养牡蛎30多亩。
　　1960年12月，学校改名为辽宁省大连水产专科学校，由辽宁省水产局领导。当年招生940名，在校生达到1230余名。有教职员工251名，其中教师138名。专业设置有：轮机管理、造船机械、淡海水养殖、海洋捕捞、水产品加工6个专业。同年5月，学校召开第一次党代会，选举产生了中共大连水产专科学校第一届委员会，田玉章任党委书记。6月，经市委批准，成立了大连水产专科学校水产科学研究所，刘思孝同志任所长。1960年下半年，国家出现暂时困难，根据精兵简政的精神，陆续下放教职工128名及中专养殖2年级167名家住农村的学生及21名工农班学生到农村参加农业劳动。
　　在高教六十条方针指引下，为解决教学内容繁琐、重复、陈旧和理论脱离实际问题，贯彻;少而精的教学原则，修订了教学计划和大纲，加强了教材建设。1963年，先后编写了《渔具与捕鱼技术》、《内陆水域增殖学》、《淡水生物学》等20门课程的教材，编写了《渔机理论与捕鱼技术》、《内燃机原理与技术管理》、《海藻养殖》、《鱼病学》等8门课程的教学大纲。结合水产专业特点，积极开展了航海多项运动，当年有436名师生参加了舢板荡浆、驶帆、游泳、撇缆、拔河、射击和攀登艇杆等活动。学校还派代表队参加市八一海上军民检阅大会比赛，获团体总分第五名；参加航海多项竞赛大会获全市第二名；还获撇缆总成绩的冠军。1961年12月，经省教育厅、省水产局批准，评定了9名教师高、中级职称，刘思孝被评为副教授。这是建校以来第一次评定教师职称。
　　实行党委领导下校务委员会负责制，1962年5月省委派安文祥同志来校主持党委工作，田玉章同志专任校长，6月召开学校第二次党员大会，安文祥同志任党委书记。1961年4月，召开全校教职工、学生代表大会，选举产生了校务委员会；5月，产生了校务常务委员会，田玉章为主任。学校制定了教学管理、实验课程、学生课堂纪律、实习、图书管理、财会管理等17项规章制度。
　　贯彻高教;六十条;，促进了科研的发展。学校提出逐步增加科研的比重，认真搞好科学研究，把学校建成既是教学中心，又是科研中心。在总结过去科研工作经验教训基础上，制定出学校科研计划贯彻百花齐放、百家争鸣的方针，使学校科研工作有了很大进展。1961年至1963年间先后完成了省下达的6项科研任务。《大连地区红虫的生物学和大量培养研究》、《大连湾牡蛎的人工授精和养殖》、《东北地区鱼类区分的地理分布》、《水库鱼类的调查报告》等5篇学术论文在市动物学会上宣读，并被选为重点学术论文在旅大市水产学会上宣读。《旅大地区淡水硅藻》、《改变海带养殖期报告》2篇论文在全国水产学会宣读；《渔船制冷装置线图法设计》、《紫油机燃烧》等3篇论文在旅大造船协会及中国水产学会上宣读。

　　1965年1月，市委根据中共中央《23条》的规定和教育部1606号文件精神，派社教工作队进校开展社会主义教育运动。4月，学校领导班子成员开始洗澡下楼。同时，中央水产部和市委派14人组成四清工作队，在校开展四清运动。截止1966年5月为止，大连水产专科学校已初具规模，养殖、海洋渔业、轮机管理3个专业有一定的基础和水平，并设有基础教学部、马列主义教研室。当时在校生406人，教职员工250人。
　　1966年6月至1976年10月，文化大革命十年动乱期间，学校党、政组织瘫痪，教学工作完全停止，不上课、不招生长达6年之久。冤假错案使教师、干部身心受到迫害和摧残，学校财产也遭到严重破坏。并且实行开门办学学朝农社来社去，解散了基础部，打乱了正常的教学秩序。1972年3月，学校恢复招生，设海洋捕捞、淡水渔业、轮机管理三个专业，学制为二年。当年在东三省及新疆、河北、北京、天津等地招收首批155名工农兵学员入学。同时，举办了轮机管理、海洋捕捞、船电、船体、航海等短训班。编写了25种教材，出版了3本科技丛书，使学校出现了新的办学气氛。但是，两个基本估计的精神枷锁仍扣在知识分子头上，视教师为被改造对象。劳动过多，运动频繁，工农兵学员文化程度参差不齐，教学质量严重下降。
　　1975年6月，实行所校合并，即大连水产专科学校、辽宁省海洋水产研究所、旅大水产学校三个单位合并成立了旅大水产专科学校，新学校归属旅大市革命委员会农业组领导。1977年6月，旅大水产专科学校解体，8月，恢复了大连水产专科学校，由省、市双重领导，以省为主。
　　1978年10月，经国务院批准，大连水产专科学校升格为本科院校，定名大连水产学院，改由国家水产总局和辽宁省双重领导，以国家水产总局为主。1980年划归中央农牧渔业部国家水产总局直属。规定学校主要面向大区，兼顾全国招生。专业设置维持现状，学制为四年。1979年12月，辽宁省委批准学校为地、师级单位。1978年11月，省委派杨九成、林承栋来校，分别担任党委书记、院长。
　　1979年对学校机构进行了调整。党委设有：组织部、宣传部、工会、团委、人民武装部、保卫科；行政设有：办公室、教务处、科研处、人事处、总务处、实习生产处、图书馆；教学机构有：渔机系、海洋渔业系、养殖系、基础部、马列主义教研室。后增设了渔港工程系，设置渔港建筑专业。同年学校有两项科研成果，获全国科学大会表奖。
　　1981年，学校被批准为首批授予学士学位高等院校。从80年至89年，学校进行专业设置与调整，将轮机管理专业改为渔业机械专业；渔业电子专业改为应用电子技术专业；渔船设计与制造专业改为渔船修理与制造专业；将淡水渔业管理专业改为渔业管理专业；海洋捕捞专业改为海洋渔业专业；渔业机械专业改为机械设计与制造专业；渔港建筑专业改为港口及航道工程专业；将航海专业改为航海驾驶专业；将水产品加工专业改为食品工程专业。同时陆续恢复和新建了一批专科专业。如：淡水渔业、海洋捕捞、渔船设计与制造、水产品加工、淡水渔业管理、航海等12个专科专业，学制为二年。工业与民用建筑专业学制为三年。1981年10月，对学校领导班子进行充实调整，派郭维治同志来校任党委副书记，主持党委工作。文干副院长主持院行政工作。1983年10月，文干同志由国务院任命为大连水产学院院长，1984年6月，吴进才同志由农业部水产局任命为院党委书记。
　　为了加强教学管理工作，1983年12月经院长办公会议讨论通过了《大连水产学院教学组织管理暂行条例》。1985年3月，对教学领导干部听课又作了专门规定。1986年7月至11月学校分两次召开了教学工作会议。1987年，调整改组了部分教研室，精简了机构，加强了学科、师资和实验室建设，提高了人力、物力的利用效率。
　　1986年7月，国务院学位委员会批准水产养殖学科招收硕士研究生。同年12月，学校被批准为硕士学位授予权单位。1987年招收了第一届硕士研究生。
　　1987年3月，系统修订了各专业教学计划和教学大纲。本着减少必修课，压缩总学时，减轻学生负担的精神，调整了教学计划和教学内容，改革了课程结构，增设了二十余门选修课。根据教师队伍状况，提高对现有师资的培训，选送了44名教师到国内外进修。利用世界银行贷款购进了大批仪器设备，新建和改建了实验室。新建的气相色谱仪实验室和导航实验室相继用于教学，新建和扩建的两个语音室投入使用。
　　科研工作比较活跃。1987年共承担17项科研任务，其中国家重点项目12项。《对虾养殖池塘增氧机》、《鱼虾养殖投饵装置》等3项研究成果通过了鉴定验收。《生物增氧技术的研究》获国家科技进步三等奖。积极参加国内外学术交流活动，发表64篇论文和编写了7本教材和专著。科研成果推广取得可喜成绩。学校先后与30个单位建立了横向联合体。《小钢壳渔轮建造规范》被农牧渔业部列为部颁标准。
　　通过多种形式、多种途径为社会培养水产技术人才。1979年国家水产总局委托学校举办干部培训班，成立了专门干训班办公室。1982年11月，改为农牧渔业部水产干部培训班大连水产学院班。1984年4月，在干训班的基础上，成立中央农业管理干部学院大连水产学院分院，由党委副书记苗益坦同志兼分院院长。同年9月，举行首届淡水渔业干部专修科开学典礼。从1980年至1995年，举办多期不同类型的培训班、短训班、专修班及函授专业证书班，培训学员数千人。
　　1988年，认真贯彻国家教委扩大会议精神，整顿秩序、健全制度、严格校纪，从严治校。重新修订和颁布了教学、人事和书籍管理等13个规章制度；提出了团结、勤奋、文明、求实的校风和勤奋、严谨的学风；把学生思想品德课列入教学计划；改进学生综合成绩分段计分办法的规定；实行毕业生分配供需见面；加强了民主办学建设；加强中层干部住校值班制度，设置校长信篇。全年编写教材18种256万字。学校体育代表队，在全国市级高校大学生比赛中共获七个第一名，其中破二项全国记录。组建了科技协会，开展学术活动和新技术推广工作。当年招收新生395名。
　　1990年学校承担的《渔船微机辅助设计》、《水下探鱼器》等22个科研项目，有90%按期完成了研究任务。小三毛金藻的防治等4个项目通过了技术鉴定。王子臣教授研究的魁蚶人工育苗技术获大连市科技进步一等获。广泛开展外事活动，全年先后接待了来自日本、苏联和南朝鲜等国外宾来校访问及讲学。
　　1991年积极落实国家教委坚持方向，稳定规模，优化结构，深化改革，改善条件，提高质量的发展方针。学校专业设置增加到14个，其中本科专业8个，专科专业6个。当年招生376名，其中本科生210名，专科生160名，研究生6名。教职员工702人，专职教师280人。同年5月，农业部任命刘焕亮同志担任大连水产学院院长。
　　1992年《船船工程》、《食品工程》、《工业与民用建筑》专业被批准晋升为本科专业。同时，增加了《贸易经济》等4个专科专业。当年招收新生499人，其中本科生214人，专科生279人，研究生6人。有11项科研项目通过鉴定验收，其中部级3项，省级5项。《池塘浮游生物的增殖利用》、《池塘养鱼高产技术应用基础理论》、《海带优良品种选育》等6个项目被评为国内领先水平。2项科研成果获农业部科技进步三等奖，同年成立了水产养殖研究所，成立了校产处和校产咨询委员会。9月，隆重而成功地举行了40周年校庆活动。建立《水产教育基金》，校友及有关单位捐款43万元。
　　1994年，学校领导班子进行了调整。农业部任命苗益坦同志担任党委书记，李鸿鸣同志担任院长。
　　从1993年到1996年，学校初步进行了以转换机制、精简机构、优化队伍、提高效益为目的的校内管理体制改革，全面修订了各项教学计划，不断提高办学层次和水平，招生规模逐步扩大。93年招收本专科生600名，在校生1480余人；94年招收本专科生652名，在校生1953人；96年招收新生597名，在校生2051人。学校设6个系和一所中央农业干部管理学院分院，另设水产养殖研究所和渔业经济与社会发展研究所。　　　　1994年增设了捕捞学硕士点。96年水产养殖学科被评为省重点学科。全校共有21个专业，2个硕士点，14个实验室。1996年农业部批准学校建立部级海洋水产增养殖生态学重点开放实验室。
　　1997年有本专科生2066名，教职工730名，其中专任教师285名。学校共有6个系24个专业、2个硕士点。学校固定资产总值4139万元，其中教学仪器设备1169万元。新增科研项目36项，其中国家级大课题4项；6项科研项目通过专家鉴定验收。同年，与美国华盛顿大学海洋水产学院、日本东京水产大学和俄罗斯远东水产大学建立了友好校际关系，还与辽宁省大连海洋渔业集团公司建立了合作共建关系。农业部批准学校建综合实验楼一座，一期工程面积7690平方米。
　　1998年，学校有硕士研究生和本专科学生2343人，其中研究生46名，本科生1663名，专科生634名。专业教师262人，其中教授22人，副教授82人；教师中具有博士学位7人，硕士学位63人。同年10月，学校被辽宁省授予省普通高校文明校称号并获表彰。11月，顺利通过教育部组织的本科教学工作合格评价。
　　1999年，农业部批准学校新增本科专业有：轮机工程、水产贸易日语、市场营销，学制为四年。批准水产养殖学科为农业部重点学科，批准学校新建学生宿舍两栋和一栋职业教育楼，合计总建筑面积为14000平方米，基建拨款400万元。同年有4项科研项目分别获农业部、辽宁省、大连市科技进步奖。学校承担的国家863计划项目皱纹盘鲍多倍体育种技术研究，12月通过科技部验收。
　　2000年2月，大连水产学院由农业部隶属划归辽宁省管理。12月，原辽宁省农业工程学校(瓦房店市)并入学校，成立了大连水产学院职业技术学院。
　　2002年4月，辽宁省委对学校党政领导班子进行了调整，院长李鸿鸣兼任学校党委书记。
　　从2000年至2005年这一时期，学校教学和教育事业蓬勃发展，办学规模和办学空间不断扩大，办学条件不断改善、办学实力不断增强。五年间，在校生由4341人扩大到12121人。2002年9月，图书馆竣工并交付使用。2003年8月，大学生公寓（一期）交付使用。2004年 8月，职业技术学院教学主楼竣工并投入使用。同年，我校参与投资与政府共建的黑石礁公园正式对外开放。2005年9月，校本部主教学楼竣工并投入使用。同年，大连市水产集团养殖公司和红旗镇渤海养殖公司顺利搬迁，其占地86亩已正式划归我校，凌水养殖公司占地57亩也划归我校。
　　学校教学和科研成果显著。由我校承担的“鲍多倍体育种技术研究”项目和参加的“牡蛎三倍体养殖技术”项目被列入重大产业化项目。有两项科技成果分别获得“国家技术发明二等奖”、和“辽宁省科技进步一等奖”。有一项教学研究成果被评为国家级优秀教学成果二等奖。我校水生生物实验室被评为辽宁省高校重点实验室。
　　学校管理体制和教学改革不断深化，缩减了机构，实行全员聘任上岗，每三年进行一次；以学科建设为龙头，加强专业建设，从2000年到2005年期间，学校新增14个硕士点，22个本科专业，形成了以水产学科为优势学科，以生物、食品和环境工程为特色学科，以涉海学科为新兴学科的学科群。教学机构不断调整和完善，学校现有11个二级学院、两个部；设有商务信息学院（三本）、职业技术学院和成人教育学院，设有6个研究所。2002年，学校确立了创建海洋大学的奋斗目标，全校师生在这面旗帜的指引下，奋发图强，攻破前进道路上的重重困难，朝着创建海洋大学的目标努力奋斗。